シュートチェインもイナズマイレブン3の新システムです。 必殺シュートを放つとシュート範囲が出現します。 その範囲内にCがついた必殺技を持つ選手がいると、見方が打ったシュートを つないでより強力なシュートを放つことができます! これが、シュートチェインです。 ユニバースブラストチェインや ばくねつスクリューチェインなどが登場します。